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高さ自動調整を行いましたが、立面からみると一部の部材の高さがずれているようです

建物概要（構造）の軒高を変更し、更新した直後に「高さ自動調整」を実行してください。実行前に部材を入力すると、新しく入力された部材と、高さ変更前の部材の高さがずれてしまいます。