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アンカーボルトは基礎立上りから土台を押さえているというのが前提でしょうか？立ち上がりがない部分（スラブ部分）にアンカーボルトを配置した場合、通常の基礎立上りから土台を留めているのと同じ計算をしているのでしょうか？

アンカーボルトと土台はセットで検討されています。土台が無い箇所にアンカーボルトを入力しても計算には使用されません。