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土台の樹種はすべて同じなのに、めり込み許容応力が２種類あるのはなぜですか？

土台端部では「横架材端部でのめり込み許容応力度係数」0.8を乗じて低減させているためです。
「横架材端部でのめり込み許容応力度係数」については、ヘルプ「６．３７．５　各項目の値の算出方法」をご参照ください。